食品厂净化车间在使用一段时间后，其内部的设备和仪器上可能会残留一些污染物，因此定期对食品厂净化车间进行清洗消毒是非常重要的。食品厂净化车间本身就是一个比较特殊的场所，它在清洗消毒时所适用的清洁剂或消毒用品不得对设备、物料、成品产生污染。另外，食品厂净化车间，还要定期更换消毒用品种类，防止菌类产生耐药性。
进入车间内的管道除了按工业管道的施工要求进行除锈、脱脂、防腐等处理外，净化车间，管道表面要擦拭，管口要及时进行封堵，管道尽量在洁净室外预制，万级净化车间，减少洁净室内施工量，GMP车间净化，分段预制组装好的管道两端应用塑料布或盲板封闭。管线的布置排列紧凑且同时考虑管道的拆洗、消毒、维修等生产要求。
净化车间施工前提是合理的设计，净化车间工程，一套的净化车间施工方案能够让团队操作变得更加有效率。
SC认证对食品车间十万级净化工程的要求：
洁净空气等级（ISO分级标准）食品工业分级标准灌装间ISO等级 4级
内包材贮存室ISO等级 5级
人员净化室ISO等级 7级
地面、墙壁地面：应有1%—2%的排水坡度。
墙壁：相对湿度超过80%的洁净区，墙壁应使用防霉涂料，防霉涂料应符合《HG/T 3950》。涂料中的有害物质限量应符合《GB 18582室内装饰装修材料内墙涂料中有害物质的限量》的规定。
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